jMorp ユーザガイド

注意

本資料は jMorp Web サイトの利用方法を説明する作成中の資料であり、記載が不十分なページがあります。随時更新しています。

注釈

The English version of the jMorp User Guide is also available.

目次

• 1. jMorp 概要
  • 1.1. jMorp とは
  • 1.2. 収録データセット
  • 1.3. Web サイト構成
  • 1.4. 収録データへのアクセス
    • 1.4.1. キーワードによる検索
    • 1.4.2. ゲノムブラウザによるデータ表示
    • 1.4.3. カテゴリ別索引
  • 1.5. 項目ページの構成
• 2. jMorp Webサイト利用方法
  • 2.1. 遺伝子ページ
    • 2.1.1. 遺伝子情報パネル
    • 2.1.2. SNV/INDEL パネル
    • 2.1.3. SNV/INDEL 密度パネル
    • 2.1.4. CNV パネル
    • 2.1.5. STR パネル
    • 2.1.6. メチル化情報パネル
    • 2.1.7. 遺伝子発現パネル (ToMMo whole blood)
    • 2.1.8. 遺伝子発現パネル (IMM 3cell analysis)
    • 2.1.9. 遺伝子発現パネル (ToMMo ISO-Seq)
    • 2.1.10. ゲノムブラウザパネル
    • 2.1.11. GWAS 解析結果パネル
    • 2.1.12. HLA アレル頻度パネル
    • 2.1.13. PGx パネル
  • 2.2. SNV/INDEL ページ
    • 2.2.1. 基本情報パネル
    • 2.2.2. アレル・ジェノタイプ頻度パネル
    • 2.2.3. 遺伝子アノテーションパネル
    • 2.2.4. dbNSFP スコアパネル
    • 2.2.5. GWAS解析結果パネル
    • 2.2.6. LiftOverパネル
  • 2.3. SNV/INDEL アレル頻度比較ツール
  • 2.4. SNV/INDEL タンパク質構造マッピングツール
    • 2.4.1. 基本的な使い方
    • 2.4.2. AlphaFold DB 収録タンパク質構造へのマッピング結果へ切り替え
  • 2.5. CNVページ
    • 2.5.1. CNVページへの行き方
    • 2.5.2. CNVページの内容
  • 2.6. STRページ
    • 2.6.1. STRページへの行き方
    • 2.6.2. STRページの内容
  • 2.7. ゲノムブラウザ
    • 2.7.1. ゲノムブラウザを開く
    • 2.7.2. トラックの一覧
    • 2.7.3. 領域の検索
    • 2.7.4. 自分のデータを重ねて表示する
    • 2.7.5. Variant co-occurrenceの表示方法
    • 2.7.6. 表示内容を他の人と共有する
    • 2.7.7. 複数のリファレンスゲノムを比較する
    • 2.7.8. その他のJBrowse2の使い方
  • 2.8. 代謝物ページ
    • 2.8.1. 代謝物情報パネル
    • 2.8.2. 濃度分布パネル
    • 2.8.3. 食後時間パネル
    • 2.8.4. 妊娠状態比較パネル
    • 2.8.5. 経時変化パネル
    • 2.8.6. 代謝物相関パネル
    • 2.8.7. GWASパネル
    • 2.8.8. メタボリックインデックスパネル
  • 2.9. 代謝物相関ネットワークビューワー
    • 2.9.1. 代謝物相関ネットワークビューワーの開き方
    • 2.9.2. ネットワークプロットパネル
    • 2.9.3. ネットワーク情報パネル
    • 2.9.4. 選択対象詳細パネル
  • 2.10. MRI ページ
    • 2.10.1. 領域情報パネル
    • 2.10.2. 体積分布パネル
    • 2.10.3. 経時変化パネル
    • 2.10.4. 体積層別化パネル
  • 2.11. PGx ページ
    • 2.11.1. PGx データへのアクセス
    • 2.11.2. 詳細ページ
  • 2.12. メタゲノムページ
    • 2.12.1. アクセス方法
    • 2.12.2. 検索
    • 2.12.3. 指定階層までの展開
    • 2.12.4. 項目ごとの展開操作
    • 2.12.5. 詳細ページへのジャンプ
    • 2.12.6. 詳細ページ
  • 2.13. GWAS ページ
    • 2.13.1. GWASページの構造
    • 2.13.2. GWAS study 詳細ページ
    • 2.13.3. GWAS 解析結果詳細ページ
    • 2.13.4. GWAS trait 詳細ページ
  • 2.14. ダウンロードページ
    • 2.14.1. ファイルのダウンロード
    • 2.14.2. DTAが必要なファイルのダウンロード
  • 2.15. Tips: DataTable の操作方法
    • 2.15.1. キーワード検索
    • 2.15.2. 列選択
    • 2.15.3. CSV保存
    • 2.15.4. ソート
    • 2.15.5. フィルタリング
  • 2.16. Tips: Preference ページ
    • 2.16.1. Genome → Reference Genome Sequence
    • 2.16.2. Genome → Genome Variation Name style
    • 2.16.3. Gene → Gene model
    • 2.16.4. Miscellaneous → Loading indicator
• 3. jMorp 収録データセット詳細
  • 3.1. JG2.1.0
  • 3.2. JG3.0.0
  • 3.3. 38KJPN-SNV/INDEL
  • 3.4. 54KJPN-SNV/INDEL
  • 3.5. 60KJPN-SNV/INDEL
  • 3.6. 61KJPN-SNV/INDEL
  • 3.7. 8.3KJPN mtDNA variants panel
  • 3.8. 38KJPN-HLA
  • 3.9. 54KJPN-HLA (v20230626)
  • 3.10. 54KJPN-HLA (v20230828)
  • 3.11. 60KJPN-HLA (v20240904)
  • 3.12. 61KJPN-HLA (v20250825)
  • 3.13. 54KJPN-STR
  • 3.14. 60KJPN-STR
  • 3.15. 61KJPN-STR
  • 3.16. JCNVv1
  • 3.17. 8.3KJPN-SV
  • 3.18. JSV1
  • 3.19. ToMMo whole blood transcriptome (v20230828)
  • 3.20. ToMMo ISO-Seq
  • 3.21. IMM 3cell analysis
  • 3.22. IMM cord blood
  • 3.23. Proteome
  • 3.24. Metabolome 2022
  • 3.25. Metabolome 2023
  • 3.26. Metabolome 2024
  • 3.27. Metabolome 2025
  • 3.28. MRI (v20240325)
  • 3.29. PGx
  • 3.30. Metagenome 16S-v4
  • 3.31. Metagenome 16S-v3/v4
  • 3.32. Metagenome shotgun
  • 3.33. TMM 解析データ以外のデータ

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