3.5. 54KJPN-HLA (v20230626)
- データセットカテゴリ
Genome Variation
- 概要
日本人約 54,000 人の短鎖全ゲノム解析から得られた HLA アレル頻度データ
- 解析対象
血液 (Buffy coat)・唾液
- 検体数 (解析プラットフォーム別)
注釈
54KJPN-HLA は 54KJPN-SNV/INDEL と同一の集団について解析をしているが、 指定された計算時間やメモリ使用量を超えたため解析を完了できなかった2検体については解析から除外しており、 解析結果を構成する検体数は SNV/INDEL と比較して2検体少ない。
解析プラットフォーム
男性
女性
合計
Illumina HiSeq 2500 (162PE)
1,450
1,677
3,127
Illumina HiSeq 2500 (259PE)
142
189
331
Illumina HiSeq X Five (150PE)
32
35
67
Illumina NovaSeq 6000 (150PE)
4,913
15,387
20,300
Illumina NovaSeq 6000 (151PE)
1,605
2,301
3,906
Illumina NovaSeq 6000 (161PE)
6,289
11,624
17,913
MGI DNBSeq G400 (150PE)
620
671
1,291
MGI DNBSeq T7 (150PE)
3,210
4,155
7,365
合計
18,261
36,039
54,300
- 検体数 (年齢別)
年齢
男性
女性
合計
19以下
233
1292
525
20代
1,099
5,817
6,916
30代
2,864
10,024
12,888
40代
1,685
3,037
4,722
50代
2,030
4,420
6,450
60代
7,047
9,329
16,376
70代
3,246
3,077
6,223
80以上
57
43
100
合計
18,261
36,039
54,300
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