jMorp ユーザガイド
20240924
目次
1. jMorp 概要
2. jMorp Webサイト利用方法
2.1. 遺伝子ページ
2.2. SNV/INDEL ページ
2.3. SNV/INDEL アレル頻度比較ツール
2.4. SNV/INDEL タンパク質構造マッピングツール
2.5. CNVページ
2.6. STRページ
2.7. ゲノムブラウザ
2.8. 代謝物ページ
2.9. 代謝物相関ネットワークビューワー
2.10. MRI ページ
2.11. PGx ページ
2.12. メタゲノムページ
2.13. GWAS ページ
2.14. ダウンロードページ
2.15. Tips: DataTable の操作方法
2.16. Tips: Preference ページ
3. jMorp 収録データセット詳細
関連論文
問い合わせ
jMorp ユーザガイド
2.
jMorp Webサイト利用方法
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2.
jMorp Webサイト利用方法
2.1. 遺伝子ページ
2.1.1. 遺伝子情報パネル
2.1.2. SNV/INDEL パネル
2.1.3. SNV/INDEL 密度パネル
2.1.4. CNV パネル
2.1.5. STR パネル
2.1.6. メチル化情報パネル
2.1.7. 遺伝子発現パネル (ToMMo whole blood)
2.1.8. 遺伝子発現パネル (IMM 3cell analysis)
2.1.9. 遺伝子発現パネル (ToMMo ISO-Seq)
2.1.10. ゲノムブラウザパネル
2.1.11. GWAS 解析結果パネル
2.1.12. HLA アレル頻度パネル
2.1.13. PGx パネル
2.2. SNV/INDEL ページ
2.2.1. 基本情報パネル
2.2.2. アレル・ジェノタイプ頻度パネル
2.2.3. 遺伝子アノテーションパネル
2.2.4. dbNSFP スコアパネル
2.2.5. GWAS解析結果パネル
2.2.6. LiftOverパネル
2.3. SNV/INDEL アレル頻度比較ツール
2.4. SNV/INDEL タンパク質構造マッピングツール
2.4.1. 基本的な使い方
2.4.2. AlphaFold DB 収録タンパク質構造へのマッピング結果へ切り替え
2.5. CNVページ
2.5.1. CNVページへの行き方
2.5.2. CNVページの内容
2.6. STRページ
2.6.1. STRページへの行き方
2.6.2. STRページの内容
2.7. ゲノムブラウザ
2.7.1. ゲノムブラウザを開く
2.7.2. トラックの一覧
2.7.3. 領域の検索
2.7.4. 自分のデータを重ねて表示する
2.7.5. Variant co-occurrenceの表示方法
2.7.6. 表示内容を他の人と共有する
2.7.7. 複数のリファレンスゲノムを比較する
2.7.8. その他のJBrowse2の使い方
2.8. 代謝物ページ
2.8.1. 代謝物情報パネル
2.8.2. 濃度分布パネル
2.8.3. 食後時間パネル
2.8.4. 妊娠状態比較パネル
2.8.5. 経時変化パネル
2.8.6. 代謝物相関パネル
2.8.7. GWASパネル
2.8.8. メタボリックインデックスパネル
2.9. 代謝物相関ネットワークビューワー
2.9.1. 代謝物相関ネットワークビューワーの開き方
2.9.2. ネットワークプロットパネル
2.9.3. ネットワーク情報パネル
2.9.4. 選択対象詳細パネル
2.10. MRI ページ
2.10.1. 領域情報パネル
2.10.2. 体積分布パネル
2.10.3. 経時変化パネル
2.10.4. 体積層別化パネル
2.11. PGx ページ
2.11.1. PGx データへのアクセス
2.11.2. 詳細ページ
2.12. メタゲノムページ
2.12.1. アクセス方法
2.12.2. 検索
2.12.3. 指定階層までの展開
2.12.4. 項目ごとの展開操作
2.12.5. 詳細ページへのジャンプ
2.12.6. 詳細ページ
2.13. GWAS ページ
2.13.1. GWASページの構造
2.13.2. GWAS study 詳細ページ
2.13.3. GWAS 解析結果詳細ページ
2.13.4. GWAS trait 詳細ページ
2.14. ダウンロードページ
2.14.1. ファイルのダウンロード
2.14.2. DTAが必要なファイルのダウンロード
2.15. Tips: DataTable の操作方法
2.15.1. キーワード検索
2.15.2. 列選択
2.15.3. CSV保存
2.15.4. ソート
2.15.5. フィルタリング
2.16. Tips: Preference ページ
2.16.1. Genome → Reference Genome Sequence
2.16.2. Genome → Genome Variation Name style
2.16.3. Gene → Gene model
2.16.4. Miscellaneous → Loading indicator