1.4. 収録データへのアクセス

https://jmorp.megabank.tohoku.ac.jp へアクセスすると、jMorp のトップページが現れます。

../../_images/access_to_datasets-top.ja.png

トップページは大きく3ブロック（キーワード検索・ゲノムブラウザ・カテゴリ別索引）に分かれています。

1.4.1. キーワードによる検索

左上に位置するキーワード検索パネルを利用すると、jMorpに収録されている全データに対してキーワード検索を実行することができます。キーワードとしては以下のようなものが利用可能です

注釈

下の検索キーワード例をクリックすると、実際の検索結果ページにジャンプします。どんなページが現れるのか是非試してみて下さい。

カテゴリ	クエリ例
遺伝子シンボル	ALDH2 / NFE2L2 / GATA1
Ensembl Gene ID	ENSG00000115415
UniProt ID	P05091
PDB ID	5l13
dbSNP ID (rsID)	rs671 / rs6721961 / rs1801133
遺伝子シンボル + HGVS.p, RefSeq ID + HGVS.p	TP53 P72R / ALDH2 p.Glu504Lys / NP_000537 P72R / NP_000681 p.Glu504Lys
ゲノム座標・領域	chr2:210477778 / chr1:12345-23456
代謝物名	Glycine / Creatinine
MSで測定された代謝物のm/z, retention time	100<mz<200 / 1<rt<3
GWASのトレイト名	BMI

例えば Creatinine で検索を実行すると、本書執筆時点では以下のような結果が得られます。

../../_images/access_to_datasets-creatinine.ja.png

検索結果ページの上部はメタボロームデータセットにおける検索結果です。メタボロームデータセットでは、 Creatinine を NMR ・ LC-MS ・ GC-MS など数種類の手法で測定しており、それらがヒットしています。

検索結果ページの下部はGWASデータセットにおける検索結果です。このパネルにあるリンクを辿ると、jMorp に登録されているGWAS解析結果の中からGWASのトレイトとして Creatinine が使われている解析の結果を見ることができます。この例のように、jMorpのトップページにあるキーワード検索パネルを利用することで、 jMorpに収録されているデータに対し横断して検索を実行することが可能です。

注釈

Creatinine は複数のエントリがヒットするため、前述のような検索結果ページが表示されますが、入力されたキーワードがjMorpの単一のエントリにしかヒットしなかった場合は検索結果ページが表示されず、直接ヒットしたエントリのページへジャンプします。

1.4.2. ゲノムブラウザによるデータ表示

jMorpトップページの左下のリンクを辿ることで、ゲノム関連データをゲノムブラウザ形式で閲覧することができます。本書執筆時点では GRCh37/hg19 ・ GRCh38/hg38 ・ JG2.1.0 3種類のゲノムブラウザを用意しています。 jMorpに収録されているゲノム関連データは解析に利用されている参照ゲノムが異なり、ゲノムブラウザごとに閲覧できるデータが異なります。

GRCh37/hg19
- Genome Variation
  
  3.5KJPNv2: 短鎖全ゲノム解析 3,500 検体による SNV/INDEL 頻度パネル
  
  4.7KJPN: 短鎖全ゲノム解析 4,700 検体による SNV/INDEL 頻度パネル
  
  8.3KJPN: 短鎖全ゲノム解析 8,300 検体による SNV/INDEL 頻度パネル
  
  8.3KJPN-SV: 短鎖全ゲノム解析 8,3 検体による構造多型 (Structual Variation; SV) 頻度パネル
- Genome (others)
  
  Genome Accessibility: 短鎖全ゲノム解析の平均深度データ
GRCh38/hg38
- Genome Variation
  
  14KJPN: 短鎖全ゲノム解析 14,000 検体による SNV/INDEL 頻度パネル
  
  38KJPN: 短鎖全ゲノム解析 38,000 検体による SNV/INDEL 頻度パネル
  
  54KJPN: 短鎖全ゲノム解析 54,000 検体による SNV/INDEL 頻度パネル
  
  JCNVv1: 短鎖全ゲノム解析 48,000 検体による CNV 頻度パネル
  
  JSV1: 長鎖全ゲノム解析 222 検体による SV 頻度パネル
- Genome (others)
  
  Genome Accessibility: 短鎖全ゲノム解析の平均深度データ
JG2.1.0
- Genome Sequence
  
  JG2.1.0: JG2.1.0 日本人基準配列
- Genome Variation
  
  38KJPN: 短鎖WGS 38,000検体によるSNV/INDEL頻度パネル (GRCh38版からのLiftOver)
  
  54KJPN: 短鎖WGS 54,000検体によるSNV/INDEL頻度パネル (GRCh54版からのLiftOver)

ゲノムブラウザの利用方法についてはゲノムブラウザを参照して下さい。

1.4.3. カテゴリ別索引

jMorpトップページの右側には、jMorpに収録されているデータセットの一覧が並んでいます。データセット名をクリックすると、そのデータセットに収録されているエントリの一覧を見ることができます。例えば、 Metabolome 2023 をクリックすると下のようなテーブルが表示され、メタボロームデータセットに含まれる代謝物の一覧を見ることができます。

../../_images/access_to_datasets-metabolite_list.ja.png

更に代謝物IDをクリックすることで、その代謝物の詳細情報を閲覧することができます。

「jMorp にはどんなデータが入っているのかざっと眺めたい」というときにはカテゴリ別の索引を辿るのが良いでしょう。

注釈

Genome Variation (SNV/INDEL) など、エントリ数が多いカテゴリについては一覧は表示されません。キーワードによる検索またはゲノムブラウザによるデータ表示をご利用下さい。