1.3. Web サイト構成

jMorp Webサイトは以下のような構成になっています。

../../_images/website_structure.ja.png
  • トップページ

    • jMorp 収録データの一括検索

    • カテゴリ別索引

  • 遺伝子ページ

    • 遺伝子ID・名前

    • SNV/INDEL リスト・アレル頻度情報

    • メチル化情報

    • 遺伝子発現情報

    • ゲノムブラウザ

    • GWAS 解析情報

  • SNV/INDEL ページ

    • dbSNP・ClinVar アノテーション

    • Japonica Array搭載状況

    • アレル・ジェノタイプ頻度

    • 遺伝子アノテーション

    • GWAS解析情報

    • LiftOver

  • CNV ページ (図には未掲載)

    • コピー数の頻度

  • STR ページ (図には未掲載)

    • リピート数の最小値、平均値、中央値、最大値

  • SNV/INDEL構造マッピングツール

    • SNV/INDEL をタンパク質構造にマッピングした結果

  • ゲノムブラウザ

    • ゲノム配列 (JG2.1.0)

    • SNV/INDEL

    • SV

    • メチル化

    • Genome Accessibility

  • 代謝物ページ

    • 化合物名称・各種外部データベースへのリンク

    • 構造

    • [NMR] 自動定量の精度

    • [MS] 代謝物及びadduct ionの m/z・retention time

    • intensity 分布 (一般集団・時系列変化・妊娠による変化)

    • 化合物間の相関関係データ

    • GWAS解析結果

  • 代謝物相関ネットワークビューワー

    • 化合物間の相関関係をネットワーク (グラフ) として表示・探索

  • GWASページ

    • TMMで行われたGWAS解析の研究サマリー

    • 要約統計量ファイルダウンロード

    • マンハッタンプロット・QQプロット表示

  • MRI ページ (図には未掲載)

    • 脳MRI画像情報に基づく各部位の容積情報

  • PGxページ

    • 薬剤代謝関連遺伝子のゲノム変異と代謝活性解析情報

  • メタゲノムページ

    • 微生物種の存在量を種々のカテゴリ (サンプル種別・歯周病の重篤度等) ごとに表示

  • ダウンロードページ (図には未掲載)

    • jMorp 掲載データのバルクダウンロード

  • 全ゲノムサンプルレポジトリ (図には未掲載)

    • 短鎖全ゲノム解析対象検体に関して、短鎖全ゲノム解析の品質情報 (塩基数・平均深度) 及び、SNPアレイ・メタボロームなどの短鎖全ゲノム情報以外の情報の availability を纏めたページ

  • コードレポジトリ (図には未掲載)

    • TMM 内で開発されたソフトウェア等のレポジトリ

各ページの利用方法に関しては jMorp Webサイト利用方法 を参照して下さい。