2.12. メタゲノムページ

2.12.1. アクセス方法

メタゲノムデータセットは jMorp トップページ 右下にある Metagenome 16S-v4 2021 リンク、 Metagenome 16S-v3/v4 2022 リンク、または Metagenome shotgun 2023 リンクからアクセスすることができます。 本書執筆時点ではメタゲノムデータセットとして 16S v4 領域を解析した結果 、 16S v3/v4 領域を解析した結果 および ショットガン解析による結果 の 3 つが収録されており、 それぞれのリンクを辿ることでこれらのデータセットを閲覧することができます。

その他にも微生物種名称で検索を行うことでメタゲノムデータセットを閲覧することが可能です。

../../_images/metagenome-top.ja.png

トップページ右下のリンクをクリックすると、下のようなツリーが描かれたページが現れます。

../../_images/metagenome-tree_overview.ja.png

このツリーはメタゲノムデータセットに含まれる微生物種を系統樹として表したものです。 この系統樹から目的の微生物種を検索し、各微生物種の解析データを閲覧します。 系統樹の上には検索を手助けするためのツールが配置されています。

2.12.2. 検索

系統樹内をワード検索することができます。検索でヒットした数は検索欄内右端に表示されます。 系統樹上ではヒットした項目まで展開され、その項目はハイライトされて表示されます。 以下の画像は Stomato を検索した例です。

../../_images/metagenome-tree_search.ja.png

2.12.3. 指定階層までの展開

ある階層まで一気に展開したい時は検索欄の隣にある選択欄から特定の階層を選ぶと可能です。 以下の画像内では Order まで展開しています。

../../_images/metagenome-tree_depth.ja.png

2.12.4. 項目ごとの展開操作

各項目ごとにその下位の階層の項目を展開したり、たたむことができます。各項目の右側にあるオレンジ、または白のボタンを押すことで操作できます。

../../_images/metagenome-tree_open_close.ja.png

もし下位の階層の項目が存在しない場合、背景が緑色で表示され、下位項目を開閉するためのボタンは表示されません。

../../_images/metagenome-tree_terminal.ja.png

2.12.5. 詳細ページへのジャンプ

各項目をクリックすると、その項目のに関する解析データを記載したページ (以降詳細ページと呼びます) に移動します。 各項目をマウスオーバーすると項目が青色に反転します。 この状態で項目名 (下の画像の例だと [TTBP_0003] Fusobacteriota の部分) をクリックします。

../../_images/metagenome-tree_link.ja.png

2.12.6. 詳細ページ

詳細ページは次のような構成になっています。

../../_images/metagenome-detail_page_overview.ja.png

詳細ページ先頭には項目ID・項目名が並びます。 項目IDの採番ルールについてはそれぞれのデータセットの詳細ページに記載があるので合わせて参照して下さい。 (Metagenome 16S-v4, Metagenome 16S-v3/v4, Metagenome shotgun)

その下にその項目が系統樹ツリー上でどの Kingdom ・ Phylum ・ Class ・ Order ・ Family ・ Genus ・ Species に属するのかの情報を示したパネルや、下位の項目を一覧表示するためのパネルが表示されます。

最後にメタゲノム解析結果データ (存在量比データ) が表示されます。 表示されるデータはデータセットごとに異なります。それぞれのデータセットには以下のような解析データが含まれており 詳細ページに表示されます。

  • Metagenome 16S-v4

    • {解析サンプル (歯垢・舌苔)} x {歯周病の重篤度 (Healty, Mild, Moderate, Severe)} ごとに微生物種の存在量比を解析したデータ

  • Metagenome 16S-v3/v4

    • {解析サンプル (歯垢・舌苔)} x {歯周病の重篤度 (Healty, Mild, Moderate, Severe)} ごとに微生物種の存在量比を解析したデータ

    • {解析サンプル (歯垢・舌苔)} x {性別} x {年代 (20代, 30代, 40代, 50代, 60代, 70歳以上)} ごとに微生物種の存在量比を解析したデータ

    • {解析サンプル (歯垢・舌苔)} x {喫煙歴 (非喫煙者, 過去に喫煙歴あり, 現在喫煙中)} ごとに微生物種の存在量比を解析したデータ

    • {解析サンプル (歯垢・舌苔)} x {呼吸機能 (FEV1% >= 0.7, FEV1% < 0.7)} ごとに微生物種の存在量比を解析したデータ

  • Metagenome shotgun

    • {解析サンプル (糞便)} x {性別 (男性, 女性)} ごとに微生物種の存在量比を解析したデータ

    • {解析サンプル (糞便)} x {年代 (20-30代, 40代, 50代, 60代, 70-80代)} ごとに微生物種の存在量比を解析したデータ

    • {解析サンプル (糞便)} x {糞便の正常 (Bristol Scale 7段階)} ごとに微生物種の存在量比を解析したデータ