2.6. STRページ

jMorp では Short Tandem Repeat (STR) の解析結果を公開しています。本ページでは Expansion Hunter を使って解析した結果を閲覧できます。 解析方法の詳細は 54KJPN-STR をご確認ください。

2.6.1. STRページへの行き方

STRページへ行く方法は2通りあります。

  1. ゲノムブラウザ で「ToMMo 54KJPN Short Tandem Repeat」のトラックを表示し、各領域を左クリックし、右側に表示された「Feature details」で「Show histogram in jMorp」をクリックする。

  2. 遺伝子ページ のSTRパネルで「jMorp STR ID」列の各IDをクリックする

以上のどちらを使っても本ページに辿り着くことができます。

2.6.2. STRページの内容

STRページは「General information」、「Frequency」、「Overlapping SNVs/INDELs」、「Genome Browser」の4つのパネルからなります。

General informationパネルには領域とリピートの単位、重なっている遺伝子名が表示されます。

Frequencyパネルには以下の図のように各データセットごとのリピート数の最小値、平均値、中央値、最大値とヒストグラムが表示されています。 ヒストグラムは最頻値付近のみを掲載しているため、詳細を確認したい場合には ダウンロードページ からVCFファイルをダウンロードしてご確認ください。

../../_images/str-page.ja.png

Overlapping SNVs/INDELsパネルではこの領域に存在するSNVとINDELのリストが表示されています。 Position/Alleles列の中をクリックすることで、それぞれの SNV/INDEL ページ に飛ぶことができます。

Genome Browserパネルでは周辺領域をゲノムブラウザで確認することができます。