2.5. CNVページ

jMorp では Copy Number Variation の解析結果を公開しています。本ページでは 1kbp ごとにコピー数多型を解析した結果を閲覧できます。

2.5.1. CNVページへの行き方

CNVページへ行く方法は2通りあります。

  1. ゲノムブラウザ で「ToMMo JCNVv1 (link to jMorp)」のトラックを表示し、各領域を右クリックして「Show in jMorp」を選ぶ

  2. 遺伝子ページ のCNVパネルで「jMorp CNV ID」列の各IDをクリックする

以上のどちらを使っても本ページに辿り着くことができます。

2.5.2. CNVページの内容

CNVページは「General information」、「Frequency」、「Overlapping SNVs/INDELs」、「Genome Browser」の4つのパネルからなります。

General informationパネルには領域と重なっている遺伝子名が表示されます。

Frequencyパネルには以下の図のように各データセットごとのコピー数の頻度とヒストグラムが表示されています。

../../_images/cnv-page.ja.png

Overlapping SNVs/INDELsパネルではこの領域に存在するSNVとINDELのリストが表示されています。 Position/Alleles列の中をクリックすることで、それぞれの SNV/INDEL ページ に飛ぶことができます。

Genome Browserパネルでは周辺領域をゲノムブラウザで確認することができます。